Sistem Pendidikan dan Kegiatan Pelatihan. Pesantren Pondok Madinah menganut system Pendidikan Moderen dan terpadu Siswa Tingkat SMP/MTs, dan SMA/MA diharuskan tinggal di Asrama yang telah disediakan, sedangkan bagi siswa tingkat SD tidak di Asramakan . Adapun rincian kegiatan santri-santriwati di Asrama adalah:
- Subuh Shalat berjamaahdan tadarus bersama s/d jam 6 pagi
- Pagi sarapan pagi berjamaah kemudian siap-siap masuk kelas untuk mengikuti proses pendidikan formal berdasarkan kurikulum Depdiknas dan Depag pada jam 07.00 s/d 13.00
- Siang dan sore. Mengikuti kegiatan pembinaan bahasa Arab dan Inggris, Tadarus dan Tahfizul Qur'an, Qasidah, Pramuka dan Karate
- Malam Pengajian Kitab-kitab kepesantrenan, Latihan Ceramah dan Tilawah